Après avoir rallié à leur cause les sbires de Zagato, les Magic Knights parviennent à vaincre ce dernier grâce aux Dieux-runes. Mais la joie cède la place au désespoir lorsqu'elles se voient obligées d'abattre celle qu'elles étaient censées sauver. C'est la mort dans l'âme qu'elles retrouvent leur monde. Mais un nouvel appel retentit...